“Lời nguyện cầu cho những linh hồn phiêu dạt” xây dựng hai tuyến truyện. Ở tuyến truyện thứ nhất là cuộc trở lại chiến trường xưa của người cựu chiến binh tên Ánh. Nhưng đó không phải là cuộc trở lại thông thường, mà là cuộc hành hương trong dáng hình của một nhà sư với pháp danh Phteah Saniphap (nghĩa tiếng Việt là Ngôi nhà Hòa Bình). Ông đã đi hành hương dọc biên giới, về lại những nơi từng là chiến trường khốc liệt để cầu nguyện, cầu siêu cho linh hồn đồng đội đã hy sinh, những người dân vô tội...Với tuyến truyện thứ hai, tiểu thuyết tập trung khắc họa hành trình tìm kiếm những đồng đội còn sống, hay đến thăm người thân, gia đình của những người lính đã ngã xuống trên chiến trường Campuchia. Mỗi người một số phận, một hoàn cảnh, và ấn tượng đọng lại nơi người đọc chính là tình đồng đội ấm áp và nhân văn.