Với sức gió dữ dội và mưa lớn, siêu bão Mangkhut đã gây ra lũ lụt và hư hại cho các toà nhà dọc các Khu Hành chính đặc biệt Hong Kong và Macau cũng như tại tỉnh Quảng Đông ở miền Nam Trung Quốc.Siêu bão Mangkhut đã quét qua khu vực đồng bằng Châu Giang, khiến các toà nhà rung lắc, sập tường bao, kính cửa sổ vỡ vụn, cây cối bật gốc, gây ra tình trạng ngập lụt tại các khu dân cư, cùng với các đợt sóng lớn tấn công đê chắn.
Tại Khu Hành chính đặc biệt Hong Kong (Trung Quốc) tính đến 14h chiều cùng ngày (tức 13 giờ Việt Nam), tổng cộng đã có 111 người – gồm 60 nam và 51 nữ - đã được điều trị y tế tại các bệnh viện công trong thời gian cơn bão quét qua. Đài quan sát thiên văn Hong Kong cho hay chỉ trong vài giờ đồng hồ, lượng mưa đo được lên tới 100 mm và lũ lụt xảy ra tại phía Bắc Khu Tân Giới vào lúc 11h25 trưa cùng ngày.
Cùng ngày, Khu Hành chính đặc biệt Macau (Trung Quốc) cũng đã ban bố Tín hiệu cảnh báo bão nhiệt đới số 10 – mức cảnh báo cấp cao nhất.
Siêu bão Mangkhut đã khiến hơn 400 chuyến bay tại hai sân bay của tỉnh đảo Hải Nam, cực Nam Trung Quốc, phải hủy bỏ trong ngày 16/9, trong khi toàn bộ khu nghỉ dưỡng ven biển và tất cả các trường học trên hòn đảo này đã phải đóng cửa.
Khi siêu bão Mangkhut đổ bộ, toàn Hong Kong, Trung Quốc, có 5 khu vực bị ngập lụt, trong đó nặng là khu vực làng chài Lý Ngư Môn trên đảo Cửu Long với lượng nước đo được lên tới hơn 1m. Tại đảo Trường Châu, hòn đảo cực Nam của bán đảo Hong Kong, sức gió mạnh nhất đo được là từ 135 - 155km/h, sóng biển dâng cao từ 5 - 9m. Gió mạnh đã khiến cây trên các tuyến đường và trong các công viên trên toàn Hong Kong gẫy đổ, cửa kính của nhiều tòa nhà cao tầng bị vỡ vụn. Do có sự chuẩn bị đối phó từ trước, hiện chưa có thông tin về người mất tích hay bị thiệt mạng do siêu bão Mangkhut gây ra. Tuy nhiên, gần 800 người đã phải rời nhà tránh bão tại Trung tâm lánh nạn tạm thời của Cục Dân chính Hong Kong và khoa cấp cứu tại các bệnh viện trên toàn Hong Kong tiếp nhận 111 người bị thương.
Tại Philippines, Siêu bão Mangkhut khiến ít nhất 30 thợ mỏ thiệt mạng và 13 người đang mất tích khi xảy ra một vụ lở đất ngày 16/9 ở Itogon, một thị trấn ở tỉnh Benguet miền Bắc Philippines. Con số này đã nâng tổng số người thiệt mạng do bão Mangkhut lên 59 người.