Chùa Ngọa Vân nằm trong quần thể di tích lịch sử văn hóa tâm linh thời Trần, thuộc địa bàn xã An Sinh và Bình Khê, thị xã Đông Triều, tỉnh Quảng Ninh.
Chùa nằm ở vị trí trung tâm sườn phía Nam của núi Bảo Đài, ở độ cao trung bình 588m – 644m so với mặt nước biển.
Chùa Ngọa Vân là một trong 14 điểm di tích thuộc Khu di tích lịch sử Quốc gia đặc biệt nhà Trần tại Đông Triều.
Đây là nơi Phật hoàng Trần Nhân Tông tu hành, hóa Phật. Bởi thế, Ngọa Vân được coi là thánh địa của Phật giáo Trúc Lâm.
Quần thể di tích Ngọa Vân bao gồm 4 khu với 15 cụm chùa, tháp khác nhau đã được phát hiện gồm: Thông Đàn - Đô Kiệu, Ngọa Vân, Đá Chồng, Ba Bậc, trong đó Ngọa Vân là khu trung tâm.
Tháng 8/1299, Thượng hoàng Trần Nhân Tông xuất gia vào núi Yên Tử tu hành khổ hạnh, lấy hiệu là Hương Vân Đại Đầu Đà. Khi lên tu tại am Tử Tiêu trên ngọn núi Tử Tiêu, Ngài xưng là Trúc Lâm Đại Sĩ. Tháng 5/1307, Trúc Lâm Đại Sĩ lên tu tại một am trên ngọn núi Ngọa Vân, am nơi Trúc Lâm Đại Sĩ tu hành được gọi là am Ngọa Vân. Tháng 11/1308, Ngài an nhiên nhập Niết bàn tại am Ngọa Vân.
Sau khi Phật hoàng hóa Phật, Pháp Loa – Tổ thứ hai của Thiền phái Trúc Lâm tổ chức hỏa thiêu Phật hoàng ngay tại Ngọa Vân, thu được hàng nghìn viên xá lỵ và ngọc cốt. Một phần xá lị được tôn trí trong Phật hoàng tháp tại am Ngọa Vân, số còn lại được đưa đi tôn trí ở nhiều nơi như Đức Lăng (Thái Bình), tháp Phổ Minh (Nam Định). Tại Ngọa Vân hiện vẫn còn tháp Phật hoàng, nơi lưu giữ xá lị của Ngài.
Cùng với đó, nhờ sự giúp đỡ của vua Trần Anh Tông, đệ nhị tổ Pháp Loa đã xây dựng mở rộng thánh địa Ngọa Vân thành một quần thể chùa tháp lớn. Cũng từ đây, Ngọa Vân được xây dựng mở rộng thành trung tâm của Phật giáo Trúc Lâm Yên Tử.
Hiện tại chùa Ngọa Vân đã và đang tiếp tục được trùng tu, tôn tạo.
Sau một thời gian bị quên lãng, Ngọa Vân giờ đây đang được đánh thức cùng với những giá trị to lớn của di tích, là một trong những điểm du lịch nổi bật của vùng đất Đông Triều.
Các kết quả khai quật của các nhà khảo cổ mới đây đã thêm cơ sở để khẳng định chùa Ngọa Vân có từ thời Trần, gắn liền với cuộc đời tu hành, viên tịch của Ngài, gắn bó chặt chẽ với khu di tích Yên Tử.
Việc trùng tu tôn tạo để dần trả lại không gian văn hóa xưa của di tích không chỉ là việc làm để bảo tồn các giá trị di sản văn hóa mà còn phục dựng nơi tham quan, nghiên cứu, giáo dục cho mọi người, nhất là thế hệ trẻ về tầm vóc và tư tưởng của Phật hoàng Trần Nhân Tông.