Trong khuôn khổ chuyến thăm, Tổng thống Milos Zeman hội đàm với Chủ tịch nước Trần Đại Quang và có cuộc gặp gỡ báo chí; hội kiến Tổng Bí thư Đảng Cộng sản Việt Nam Nguyễn Phú Trọng; Chủ tịch Quốc hội Nguyễn Thị Kim Ngân; gặp Phó Thủ tướng Vương Đình Huệ; dự Diễn đàn doanh nghiệp Việt Nam – Czech và gặp Hội hữu nghị Việt Nam – Czech. Trong khuôn khổ chuyến thăm, hai bên ký kết nhiều hiệp định và biên bản ghi nhớ hợp tác quan trọng, trong đó có Hiệp định giữa Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Cộng hòa Czech về chuyển giao người bị kết án phạt tù và Hiệp định giữa Chính phủ nước Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Chính phủ Cộng hòa Czech về hợp tác phòng, chống tội phạm được ký kết nhân chuyến thăm. Hai bên nhất trí thúc đẩy và tăng cường hợp tác trong các lĩnh vực như: nông nghiệp, khoa học - công nghệ, môi trường, năng lượng, giáo dục - đào tạo, văn hóa, du lịch, tư pháp và pháp luật...; nhất trí hợp tác thúc đẩy, bảo vệ quyền con người, bao gồm việc thực hiện các điều ước quốc tế về quyền con người; cam kết phối hợp và hợp tác chặt chẽ hơn nữa tại các tổ chức, diễn đàn khu vực và quốc tế. Hai bên cam kết duy trì hòa bình, ổn định, thúc đẩy an ninh, an toàn hàng hải, tự do hàng hải và hàng không ở Biển Đông.