规划的目标是具体化党和国家关于科技发展和革新创新方向以及加强国家总体规划中各有关行业和地区沟通协作的主张和法律政策。与此同时形成具有较强的开放性和灵活性、合理的规模和结构以及满足全面深入推进国家革新、工业化和现代化要求的国立科技组织网络。

同时，规划为制定全国科技领域中期公共投资计划，确保其客观性、科学性、公开透明性和有效性以及调动社会各方面资源投入科技组织网络发展打下坚实基础；面向实现公立科技组织完全自主的目标。