Entré dans la vie active le 5 décembre 1967, il a rejoint le Parti communiste vietnamien le 19 décembre 1967.
En décembre 1967, Nguyên Phu Trong a commencé à travailler au département de documentation du magazine Apprentissage (aujourd'hui magazine Communisme). Le 19 décembre 1967, il était admis au Parti communiste vietnamien.
D’août 1968 à août 1973: rédacteur en chef du magazine Communisme et secrétaire de l’antenne de l'Union de la jeunesse communiste Hô Chi Minh de cet organe.
De septembre 1973 à juillet 1983: il faisait des études post-universitaires au Département d'économie et de politique de l'École supérieure du Parti Nguyên Ai Quôc (aujourd'hui Académie nationale de Politique Hô Chi Minh); puis il était doctorant et a soutenu avec succès sa thèse de doctorat en sciences historiques (spécialisé dans l’édification du Parti) à l'Académie des sciences sociales de l'Union soviétique, relevant du Comité central du Parti communiste de l'Union soviétique.
De septembre 1987 à août 1996: chef du comité d’édification du Parti; secrétaire du Comité du Parti du magazine Communisme; rédacteur en chef adjoint du magazine Communisme; Rédacteur en chef du Magazine Communisme.
Lors du 7e Congrès national à mi-mandat du Parti (janvier 1994), il a été élu au Comité central du Parti. Il était membre du Comité central du Parti communiste vietnamiens pour les VIIe, VIIIe, IXe, Xe, XIe, XIIe et XIIIe exercices.
Lors du 4e plénum du Comité central du Parti, VIIIe exercice (décembre 1997), il a été élu au Bureau politique. Il était membre du Bureau politique pour les VIIIe, IXe, Xe, XIe, XIIe et XIIIe exercices.
D’août 1999 à avril 2001: membre de la permanence du Bureau politique et du Comité central du Parti communiste vietnamien.
De janvier 2000 à juin 2006: secrétaire du Comité du Parti de Hanoï pour les XIIe, XIIIe et XIVe exercices.
De mai 2002 à présent: député à l'Assemblée nationale pour les XIe, XIIe, XIIIe, XIVe et XVe législatures.
De juin 2006 à juillet 2011: président de l'Assemblée nationale de la République socialiste du Vietnam, XIe et XIIe législatures.
De janvier 2011 à présent: secrétaire général du Comité central du Parti communiste vietnamien pour les mandats XIe, XIIe, XIIIe, secrétaire de la Commission militaire centrale.
De février 2013 à présent: chef de la Direction centrale pour la prévention et la lutte contre la corruption et les pratiques malsaines.
D’août 2016 à présent: membre du Comité permanent de la commission centrale du Parti au sein du ministère de la Sécurité publique pour les mandats 2015-2020 et 2020-2025.
D’octobre 2018 à avril 2021: secrétaire général du Parti communiste vietnamien et président de la République socialiste du Vietnam pour le mandat 2016-2021; Président du Conseil national de défense et de sécurité.
D’avril 2021 à présent: secrétaire général du Comité central du Parti communiste vietnamien, secrétaire de la Commission militaire centrale, membre du Comité permanent de la commission centrale du Parti au sein du ministère de la Sécurité publique, chef de la Direction centrale pour la prévention et la lutte contre la corruption et les pratiques malsaines.
En raison de ses nombreuses contributions importantes et particulièrement remarquables à la cause révolutionnaire du Parti et de la nation, le secrétaire général Nguyên Phu Trong a reçu de nombreuses distinctions honorifiquesdont l’Ordre de l'Étoile d'or, l'insigne des 55 ans d’appartenance au Parti, l’Ordre d'Or national du Président de la République démocratique populaire lao, l’Ordre de l’Amitié du Parti communiste et de l'État chinois, Prix Lénine, la plus haute distinction du Comité central du Parti communiste de la Fédération de Russie; l’Ordre José Marti du Parti communiste et de l'État cubain, ainsi que de nombreuses autres distinctions honorifiques.