Về vấn đề Biển Đông, Bộ trưởng Phùng Quang Thanh cho biết đây là một trong những vấn đề được quan tâm nhiều nhất tại Đối thoại Shangri-La lần thứ 13 bởi đây là khu vực có đường hàng hải quốc tế tạo sự giao lưu, hoạt động thông thương rất quan trọng đối với các nền kinh tế. Nếu an ninh ở đây không đảm bảo thì sẽ ảnh hưởng đến tất cả các nước trong khu vực cũng như nhiều nước trên thế giới. Hiện nay khi tình hình tại Biển Đông đang bất ổn, các nước đều bày tỏ quan ngại mong muốn giữ gìn môi trường hòa bình, ổn định trên Biển Đông, mong muốn các bên giải quyết vấn đề bằng biện pháp hòa bình, luật pháp quốc tế, công ước luật biển, Tuyên bố về ứng xử của các bên ở Biển Đông (DOC) và tiến tới xây dựng Bộ quy tắc ứng xử ở Biển Đông (COC) giữa ASEAN và Trung Quốc. Bộ trưởng Phùng Quang Thanh khẳng định các nước phải tôn trọng luật pháp, không được có các hành động đơn phương, tạo ra việc đã rồi hoặc sử dụng vũ lực để giải quyết các tranh chấp về mặt chủ quyền lãnh thổ.